Né en Allemagne, où ses parents faisaient leurs études pour devenir ingénieurs, Corneille passe son enfance au Rwanda où la famille retourne vivre en 1983, dans la capitale Kigali. Son père Émile Nyungura y est ingénieur électricien et devient l'un des dirigeants du PSD rwandais, sa mère travaille à la banque commerciale de Kigali. Émile Nyungura aurait été Tutsi et sa mère Hutue1,2. C’est à l'adolescence qu'il se découvre une passion pour la chanson. Il fait alors partie d’un groupe R'n'B au Rwanda, et s’initie à l’écriture de textes et à la composition musicale. Il trouve ses influences dans la soul et le funk américain, ses « maîtres chanteurs » s’appellent Prince, Marvin Gaye ou Stevie Wonder et Michael Jackson. Le groupe enregistre une démo puis remporte le concours « Découverte 1993 » de la télévision rwandaise.

Il a 17 ans lors du génocide rwandais. Un groupe armé entre dans la maison familiale le 15 avril 1994 et tue ses parents ainsi que ses deux frères et sa petite sœur. Corneille assiste au massacre. Il y survit miraculeusement, une coupure de courant inopinée lui permet de se cacher derrière un canapé3. Il s'enfuit au Zaïre à des jours de marche, et trouve ensuite un refuge en Allemagne chez un couple allemand ami de ses parents.